La Garonne traverse 2 régions (Nouvelle-Aquitaine et Occitanie), 4 départements et 29 intercommunalités : sa protection dépend donc d’un grand nombre d’acteurs. Par ailleurs, il existe une incohérence dans le morcellement des compétences administratives sur ces territoires : la gestion administrative ne correspond pas à la gestion de bassin, ce qui entraîne un décalage entre les périmètres d’action.
Étant donné l’implication de plusieurs intercommunalités, cela peut poser des difficultés, voire des blocages en cas de désaccords politiques.
À l’inverse, des établissements peuvent se retrouver à gérer plusieurs territoires, comme la Communauté d’agglomérations Royan Atlantique (CARA), à cheval sur deux grands bassins hydrographiques.
Cette multiplication d’acteurs entraîne un déficit de gouvernance. Il n’y a pas de structure exclusivement dédiée à la protection de la Garonne dans son intégralité.